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Nació el 9 de marzo de 1894 en Naguabo (Puerto Rico) en el seno de una familia muy humilde y numerosa. Al morir su padre tenía nueve años y tuvo que empezar a trabajar muy joven; a los 16 años realizó un curso especial en la Universidad de Puerto Rico para obtener su título de profesor. Durante cinco años estuvo enseñando y realizó algunos otros trabajos. A continuación ingresó en el ejército de los Estados Unidos, donde estuvo enrolado ocho años.1
En 1926 se instaló en Nueva York donde conoció al compositor Rafael Hernández con el que entabló gran amistad. Aunque Flores no disponía de formación musical reglada estuvo colaborando con él y su grupo: el Trío Borinquen. En 1930 formó su propio grupo: Cuarteto Flores, que disponía de ritmos más rápidos y pasó a ser un sexteto y luego una orquesta; sin embargo, tuvo problemas con la discográfica del grupo y decidió abandonarlo. En su grupo participaron músicos como: Pedro Ortiz Dávila, conocido como Davilita y que solía ser el cantante principal, Pedro Marcano, Ramón Quirós, Cándido Vicenty, Plácido Acevedo, Diosa Costelo, Panchito Riset, Johnny Rodríguez, Antonio Machín, etc.
Se trasladó a México, después a Cuba y en alguna ocasión regresó a Nueva York para reorganizar su grupo, con la colaboración de Daniel Santos, Los Panchos, La Sonora Matancera, Myrta Silva, Clarisa Perea, Moncho Usera, Doroteo Santiago y Chencho Moraza, con los que realizó importantes giras por el continente americano. En 1967 regresó a Puerto Rico y continúo componiendo canciones, en 1973 recibió un reconocimiento a su trabajo musical por el Senado de Puerto Rico, falleciendo el 14 de julio de 1979.
